يتعرض رجال الهيئة أثناء قيامهم بعملهم لاعتداءات ينفذها بعض الجناة الذين يتم إلقاء القبض عليهم في جرائم تضبطها الهيئة، وكان آخرها (حتى كتابة هذه السطور) ما تعرض له عضو مركز هيئة الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر في مدينة سكاكا، الشيخ مساعد بن زايد الرويلي، من الاعتداء من شاب مطلوب في قضية ابتزاز أثناء القبض عليه.