واعتمدت الوكالة عدداً من البدائل التعليمية لضمان سير العملية التعليمية وسط بيئة تعليمية آمنة لتحقيق الأهداف المنشودة، كما أقرت الوكالة مجموعة من الخيارات يأتي في مقدمتها التعاون مع قناة عالي لبث الدروس المسجلة، بالإضافة إلى توفير المقررات الإلكترونية وإتاحتها للمستهدفين عبر البوابة الإلكترونية مع تجهيز المحتوى والفصول الافتراضية وتأمين متطلباتها الفنية والتقنية بمشاركة كافة إدارات الوكالة المعنية؛ كما اعتمدت الوكالة مركزاً للدعم والاستشارة ليتولى كافة أعمال التنسيق والمتابعة لكافة منسوبي المعهد حفاظاً على سلامتهم وحرصاً على تعليمهم مع إتاحة الفرصة لأولياء الأمور الراغبين في نقل أبنائهم إلى أي معهد للتعليم المباشر في فروع المعاهد العلمية المنتشرة في كافة أنحاء المملكة، وخصصت بوابة إلكترونية للهيئة الإدارية والتعليمية للتحضير الإلكتروني ومتابعة التوجيهات والأعمال المسندة لهم عن بعد لضمان سير العمل بالشكل المطلوب.