وقد دخل الإسلام أوغندا عبر التجار المسلمين من السودان ومصر، حيث كان التجار المسلمون يحملون البضائع والهدايا إلى ملوك القبائل الأوغندية بالإضافة إلى دورهم الدعوي إلى دين الله وعرض الإسلام على كل من يتعامل معهم وعلى الملك داود الثاني ملك قبيلة بوكندا الذي أسلم وحسن إسلامه، ومنذ ذلك الحين أخذ الإسلام يشق طريقه بين القبائل الأوغندية وقد أدت الحملة المصرية على منابع النيل في القرن التاسع عشر دوراً مهماً في نشر الإسلام عبر إرسال العلماء إلى هناك للمشاركة في العمل الدعوي وهداية الأوغنديين.