ويتألف مبنى المسجد من ستة أدوار، يشمل البدروم الأول لصالة الصلاة وصالات الطعام ودواليب المعتكفين والحمامات والمصاعد والسلالم الكهربائية والممرات الرئيسية، والبدروم الثاني مخصص لمواقف السيارات، وخصص الدور الأرضي للصلاة، ومغاسل الموتى، والحمامات ومكاتب إدارة الوقف، ومداخل ومصلى السيدات، ومدخل المكتبة، وصالة الصلاة الرئيسية للسيدات، وحمامات السيدات، والمكتبة، وقاعة المحاضرات، وسكن الإمام، ومكاتب موظفي الوقف، فيما يضم الدور الأول صالة الصلاة الرئيسة، وغرف المعتكفين والمواضئ والسطح خصص لصالة الصلاة الرئيسة.