وتمر العلاقات الثنائية بمرحلة متميزة ومهمة حالياً ضمن مراحل تاريخها الطويل الذي بدأ منذ عام 1938م، بزيارة مبعوث الملك عبد العزيز آل سعود ـ طيب الله ثراه، المرحوم حافظ وهبة لحضور افتتاح مسجد طوكيو، ثم زار المملكة مبعوث ياباني للمرة الأولى في العام التالي مباشرة أي في عام 1939م، وهو ماسايوكي يوكوياما، والتقى جلالة الملك المؤسس عبدالعزيز، ثم تطورت هذه العلاقات بعد الحرب العالمية الثانية، إلى أن تمت إقامة علاقات دبلوماسية رسمية كاملة بين المملكة واليابان في عام 1955م.