وفّرت الهيئة العامة للعناية بالمسجد الحرام والمسجد النبوي مختبراً؛ لتحليل ماء زمزم، ويتولى الإشراف على جميع مراحل التعقيم بهدف نظافة مياه زمزم وخلوها من الملوّثات.
ويتم تعقيم مياه زمزم بالأشعة فوق البنفسجية دون إضافة أي مواد كيماوية؛ لضمان عدم تغيُّر لون ماء زمزم أو طعمه أو رائحته، ويصل مستوى التعقيم من البكتيريـا والفيروسات إلى نسبة (99.77%)، والكيلوواط الواحد من الكهـرباء يقوم بتعقيم (12000) جالون من الماء.
وحفاظاً على سلامة مياه زمزم تتخذ مجموعة من الإجراءات، منها ضخ مياه زمزم المباركة من بئر زمزم في دائرة مغلقة عبر مواسير لا تصدأ (استانليس استيل) إلى خزانات مغلقة تماماً معالجة كيميائيًّا لمنع حدوث أي تفاعل كيميائي أو أي نشاط بكتريولوجي بين مكونات مياه زمزم، والخزانات مارة قبل تخزينها بمرشحات (فلاتر) تحجز الرمال والشوائب، ثم تمر على أجهزة التعقيم المبدئية وعند ضخ ماء زمزم المبارك من الخزان إلى المسجد الحرام لاستعمالها يتم مرورها من خلال مرشحات (فلاتر) لحجز أي رواسب، ثم يجري تعقيمها بالأشعة فوق البنفسجية مرة أخرى؛ لتنقل إلى المسجد الحرام عبر مواسير لا تصدأ (استانليس استيل)، كما يتم إجراء التحاليل اللازمة لمياه زمزم في مختبرات الهيئة المخصّصة لتحاليل مياه زمزم (كيميائياً وبكتريولوجياً) قبل استعمالها من قِبل مرتادي بيت الله الحرام، وذلك للكشف عن أي ملوّثات كيميائية أو بكترولوجية.
وتشترط الهيئة توافر شهادات صحية لجميع العاملين في السُقيا، وذلك للتأكّد من خلوهم من الأمراض المعدية ونظافة القواعد التي توضع عليها الحافظات بصفة مستمرة بإشراف الإدارة وتعبئة الحافظات وتوزيعها في أرجاء المسجد الحرام والساحات بعد التأكّد من نظافتها وتبديل الكاسات المستعملة ووضع كاسات بلاستكية جديدة بدلاً منها وصيانة ونظافة الخزانات حسب جدولة أسبوعية وشهرية وموسمية تنظّم وفق الخطة المتبعة، وبأفضل الأساليب والوسائل المطلوبة.
وتتولى إدارة سُقيا زمزم بالمسجد الحرام منذ إنشائها عام 1400هـ، الإشراف على بئر زمزم، وتوفير مياه زمزم المبرّدة والعادية في الحافظات (الترامس)، وتعمل على نظافتها، وتزويدها بما يلزم من الأكواب البلاستيكية، كما تقوم بنظافة وغسيل المشربيات ومتابعة درجة البرودة في المشربيات.
ويصل عـدد الحـافظات بالمسجد الحرام إلى أكثر من (20000) حافظة تزيد في شهر رمضان المبارك وموسم الحج، إضافة إلى المشربيات المنتشرة بالمسجـد الحرام والساحات المحيطة به، ويبلغ عـدد صنابير سُقيا زمزم (1073) صنبوراً، إضافة إلى (223) برميلاً، يتم توفيرها في رمضان وموسم الحج، ويتم تبريد مياه زمزم بمحطة التبريد بالقشاشية.