يحوي مركز المخطوطات بمكتبة الحرم المكي الشريف التابعة للرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي، قرابة "8000" مخطوط نادر باللغة العربية، وأكثر من "370" مخطوطة بغيرها، وما يزيد على "2750" مخطوطة مصورة، وأكثر من "550" مجلدًا من فهارس المخطوطات، بالإضافة إلى أكثر من "31450" مخطوطة رقمية، و"105" مخطوطات رقمية تمت إعادة ترميمها بدارة الملك عبدالعزيز.
ويُعنى المركز بالمخطوطات الأثرية وحفظها والاهتمام بها والحرص على اقتناء الثمين منها، ويضم المركز آلاف المخطوطات الأصلية والمصورة، وذلك من خلال ثلاثة أقسام رئيسة هي: "قسم المخطوطات، وقسم الكتب النادرة والطبعات القديمة، وقسم الميكروفيلم".
ومن أبرز المخطوطات التي يضمها المركز: مخطوطة "فوائد البزاز" "الغيلانيات في أجزاء الحديث" لمؤلفه: محمد بن عبدالله بن إبراهيم الشافعي المتوفى سنة 354هـ وتاريخ نسخه سنة 494هـ؛ حيث تعد أقدم مخطوطة في المركز.
أما "مسند الموطأ" لمؤلفه عبدالرحمن بن عبدالله بن محمد الغافقي المتوفى سنة 381هـ وتاريخ نسخه سنة 693هـ؛ فتعد النسخة الوحيدة في العالم.
وبخصوص مخطوطة "مجمع البحرين في زوائد المعجبين" لمؤلفه نجم علي بن أبي بكر بن سليمان الهيثمي المتوفى سنة 807هـ وتاريخ نسخة سنة 857هـ؛ فتعد النسخة الوحيدة الكاملة في العالم.
وآخر ما ضُم إلى المركز من إرث علمي نادر وقديم هي مخطوطات خاصة من مكتبة الشيخ عبدالله بن حميد وجارٍ العمل على تقسيمها وتوزيعها بين أرفف المركز؛ ليتمكّن الباحث المختص بعد ذلك من الاطلاع عليها والاستفادة من محتواها.