تعمل الهيئة العامة للعناية بشؤون المسجد النبوي -ممثلة في إدارة المختبر- على الاهتمام بسلامة ماء زمزم المبارك، وضمان وصوله على نحو آمن لقاصدي المسجد النبوي.
ويقوم طاقم فني متخصص يعمل على مدار الساعة وبصفة دورية، بأخذ أكثر من 80 عينة يوميًّا من جميع مصادر ماء زمزم داخل المسجد النبوي ومن الساحات المحيطة به؛ وذلك للتأكد من سلامته، بأحدث الأجهزة والتقنيات في مجال المياه.
ولا تقتصر مهام إدارة المختبر على تحليل ماء زمزم فقط؛ بل تحلل ما يزيد على 30 عينة يوميًّا للأسطح الصلبة من جميع أرجاء المسجد النبوي، كالسجاد والأعمدة والسلالم وجميع المرافق؛ للتأكد من مستوى السلامة والجودة والتعقيم، وأنها وفق المعايير المعتمدة، كما تشرف على أعمال توريد ماء زمزم من مكة المكرمة، وقياس مستوى جودة الشبكات، إضافة إلى المحافظة على منسوب ماء زمزم المبارك في الخزانات الرئيسية.
يُذكر أن قرابة 300 طن من ماء زمزم المبارك ترد يوميًّا للمسجد النبوي.