يُعد مركز التشغيل والتحكم في قطار المشاعر المقدسة المسؤول عن تسيير حركة القطار من خلال تسع محطات، ثلاث منها في عرفات، وثلاث محطات في مزدلفة، وثلاث محطات في منى.
وأوضح رئيس قسم التشغيل في قطار المشاعر المقدسة المهندس زياد الفرشوطي، أن مركز التحكم يحوي تقنيات متقدمة تسهم في تحرك القطار بأعلى معايير الأمن والسلامة لتمنع بمشيئة الله أي أخطار أو حوادث، حيث يعد مركز التحكم مسؤولاً عن جميع حالات الطوارئ الخاصة بالمحطات من خلال التدخل السريع عند الحاجة، لافتاً إلى أن مركز التحكم يقوم بتوجيه قائد القطار في جميع الاتجاهات للحركة داخل المشاعر من منى إلى عرفات، أو من عرفات إلى مزدلفة، ومن مزدلفة إلى الجمرات بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة والجهات الخارجية عن طريق مراقبة المحطات من خلال " 1500 " كاميرا موزعة في جميع المحطات وعلى أساسها يتم توجيه الفرق الموجود داخل المحطات.
وأكد "الفرشوطي" مشاركة عدد من الموظفين المؤهلين بشكل دائم ومستمر من داخل مركز التحكم والتشغيل، إضافة إلى المسؤولين عن الصيانة سواء ما يخص المحطات أو القطارات .
وعند حالات الطوارئ يقوم مركز التحكم والتشغيل بتوجيه فريق التدخل السريع عند ورود البلاغ من المحطة، أو من قائد القطار ليتم إثر ذلك تقديم الدعم المباشر في المحطات قبل وصول القطار حتى لا تتأثر رحلات ضيوف الرحمن.