وفي 1 رجب من عام1430هـ تم القبض على العقيل مدير المؤسسة وتزامن ذلك مع القبض على رئيس لجنة آسيا سابقاً المدير الأخير لمؤسسة الحرمين قبل حلها الشيخ حجاج بن عبدالله العريني وكذلك الشيخ محمد بن فهد التويجري رئيس لجنة إفريقيا والشيخ محمد بن عبدالله الخضيري آخر رئيس للجنة آسيا بعد شغورها ثم تلا ذلك ايقاف عددٍ من منسوبي المؤسسة وغيرهم من موظفي وداعمي مؤسسة الحرمين، ووجهت لهم تهم بتمويل الإرهاب واختلاس الأموال وخيانة الأمانة واستمر حبسهم عدة سنوات ثم أطلق سراح عددٍ منهم حتى تتم محاكمتهم وبقي الشيخ العقيل على الرغم من مرضه وكبر سنه وصدور أمرين قضائيين بإطلاق سراحه، وفي هذا اليوم صدر حكم قضائي ابتدائي ببراءة موكلينا المذكورين وهم كلٌ من 1/ الشيخ عقيل بن عبدالعزيز العقيل مدير مؤسسة الخيرية سابقاً ، "ما زال موقوفاً" 2 / الشيخ حجاج بن عبدالله العريني آخر مدير للمؤسسة 3/ الشيخ محمد بن فهد التويجري رئيس لجنة إفريقيا بالمؤسسة 4/ الشيخ محمد بن عبدالله الخضيري رئيس لجنة آسيا، ومن خارج المؤسسة تم الحكم ببراءة الشيخ / محمد بن دهيمان بن علي الدمنان والأستاذ / محمد بن يوسف الشوابكة أردني الجنسية، وكذلك الحكم ببراءة أحد رجال الأعمال، وكلهم من رجال العمل الخيري ومن المؤهلين علمياً وأكاديمياً، تلقى الشيخ العقيل دراسته الجامعية في كلية الشريعة بجامعة الإمام في الرياض, وكان من الأوائل على دفعته، وينتمي لأسرة علمية عريقة خرّجت جمعاً من العلماء والقضاة والأكاديميين وعلى رأسهم أخوه الشقيق المعروف بشيخ المذهب الحنبلي معالي الشيخ عبدالله العقيل رئيس مجلس القضاءالأعلى.