يحظى مسجد المصطفى - صلى الله عليه وسلم -، بالرعاية والاهتمام على مدار الساعة من قبل الهيئة العامة للعناية بشؤون المسجد النبوي، ومن جوانب الرعاية المتواصلة الآلية اليومية للتطهير والتعطير بالمسجد النبوي.
وتغسل أرضيات المسجد النبوي وساحاته وسطحه خمس مرات يومياً، كما تعطر الأرضيات والسجاد بأجود أنواع الورد المديني، كما يجري تنظيف وتعقيم 25000 سجادة يومياً، إضافة إلى تعقيم وتطهير مرافق المسجد النبوي ودورات المياه خمس مرات يومياً.
يذكر أن للمظلات وفتحات التكييف والجدران برنامجاً خاصاً يقوم على صيانتها والاهتمام بها على مدار الساعة.