وتمثل جائزة "التميز للمنظمات غير الربحية" الفرع الثاني لجائزة الملك خالد، وتُمنح للمنظمات غير الربحية (المؤسسات، والجمعيات الخيرية المسجلة لدى وزارة الشؤون الاجتماعية) ذات الأداء والإبداع الإداري المتميز، الذي يجعل فاعليتها وأثرها أكبر؛ وذلك وفق خطط استراتيجية ذات نتائج ملموسة على أرض الواقع، ويبلغ مجموع قيمة هذا الفرع من الجائزة مليون ريال للمنظمات الثلاث الفائزة.