يقع مسجد الشجرة بمكة المكرمة، قبيل مدخل مقبرة المعلاة من جهة الغزة، ومحاذياً لمسجد الجن، ويُعرف بمسجد الجندراوي.
وتعود تسمية مسجد الشجرة بهذا الاسم إلى المكان الذي شهد قصة أن شجرة في ذات الموقع قدمت إلى الرسول - صلى الله عليه وسلم - وسلمت عليه.
يقول الباحث في تاريخ السيرة النبوية سمير برقة، متحدثًا عن هذا المسجد والمكان: يقع المسجد عند سفح الجبل مقابل الحجون بحذاء مسجد الجن بالتحديد عند مدخل مقبرة المعلاة من جهة الغزة، وقد وثقه المؤرخ الشيخ عاتق البلادي.
وأضاف: روي أن الرسول صلى الله عليه وسلم كان بالحجون فرد عليه المشركون فقال: اللهم أرني آية اليوم لا أبالي من كذبني بعدها فأتي فقيل: ادع شجرة فأقبلت تخط الأرض حتى انتهت إليه فسلمت عليه صلى الله عليه وسلم ثم أمرها فرجعت إلى موضعها.
وتابع "برقة" قائلاً: لهذا سمي المسجد الذي بُني قبل نحو مئات السنين في ذلك المكان نسبة إلى الشجرة التي سلًمت على رسول الله - صلى الله عليه وسلم -.
وأشار إلى أن المسجد يُعرف عند أهل مكة بمسجد "الجندراوي"؛ كما يطلق عليه الكثيرون أيضاً بمسجد الشجرة نسبةً إلى مكان الشجرة التي سلَّمت على رسول الله.