ينفذ مطار عرعر، العديد من الإجراءات الوقائية والاحترازية لمواجهة انتشار فيروس كورونا الجديد عبر التعقيم وتطهير صالات سفر المغادرين والقادمين الذين يُقَدر عددهم بـ1000 مسافر يوميًّا، إضافة إلى تعقيم عربات النقل وغيرها.
كما تقوم إدارة مطار عرعر -بالتعاون مع الشؤون الصحية بمنطقة الحدود الشمالية- بتخصيص فريق طبي لتعقيم أيدي المسافرين وتوزيع الكمامات والقفافيز الطبية والنصائح الطبية، والإجابة على الاستفسارات الطبية.