تشرف الرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي على ضمان نقاوة مياه زمزم وتأمين وصولها للمعتمرين والقاصدين بأيسر السبل، وذلك بسحبها من بئر زمزم وتنقيتها وتوزيعها آليًّا بأحدث التقنيات العالمية، وذلك حمايةً للماء المبارك من التلوث بعد خروجه من البئر.
وتمر رحلة المياه المباركة من بئر زمزم وصولًا لقاصدي المسجد الحرام والمسجد النبوي بعدة مراحل؛ وهي: التنقية والتعقيم من خلال ضخ المياه الخام من بئر زمزم عن طريق مضختين عملاقتين بقدرة "360" مترًا مكعبًا بالساعة؛ حيث تقوم بسحب مياه زمزم من البئر وضخها إلى مشروع الملك عبد الله لتطوير مياه زمزم، الذي يقوم بدوره بتخزين المياه وإجراء أعمال التعقيم ثم إرسال مياه زمزم إلى محطة خزان زمزم وإلى محطة سبيل الملك عبد العزيز.
ويتم ضخ المياه المباركة عبر خطوط نقل المياه الخام التي تبلغ 4 كيلومترات تقريبًا، وهي مصنوعة من مادة الحديد غير القابل للصدأ "استانلس ستيل"؛ حيث يوجد على طول الخطوط غرف هواء وغسيل وغرف تحكم موصولة بوسائط خاصة بالتحكم.
ويجري تخزين المياه من البئر وذلك في خزانات ذات سعة "5000" متر مكعب مقسم إلى جزأين ومبنى من الخرسانة المسلحة، وبعد عملية تخزين المياه يتم نقلها إلى محطة التنقية؛ حيث تتم فلترة مياه زمزم وإنتاج المياه بدرجة عالية من النقاوة والتعقيم عبر منظومة متكاملة من الفلاتر.
كما تنتقل المياه المنتجة بعدها إلى خزاني كدي سعة "10000" م3، وسبيل الملك عبد العزيز فيزود المسجد الحرام بماء زمزم من خزان كدي وتعبأ صهاريج زمزم للمسجد النبوي من سبيل الملك عبد العزيز، كما يتم الضخ إلى مصنع الإنتاج؛ حيث يتم إنتاج عبوات ماء زمزم 5 لترات ومن ثم تنتقل المياه المنتجة من خزان كدي بعد إعادة تنقيتها عن طريق الأشعة فوق البنفسجية عبر أنابيب غير قابلة للصدأ "استانلس استيل" إلى محطات تبريد مياه زمزم حول المسجد الحرام؛ حيث يتم ضخها إلى نقاط تعبئة الحافظات ومشربيات مياه زمزم في المسجد الحرام.
أما بالنسبة للتعقيم والمعالجة فتسبق كل مرحلة من المراحل الأساسية عملية أخذ عينات وتحليل لمياه زمزم للتأكد من مواصفاتها وخصائصها، ويخضع الماء المبارك في جميع مراحل رحلته إلى أخذ عينات عشوائية يتم تحليلها للتأكد من سلامتها وخلوها من أي ملوثات، وتتم عملية فحص عينات ماء زمزم بالتقنية المستخدمة في الفحص بالخطوات التالية فيزيائيًّا بالتأكد بعد أخذ العينة من خلوها من أي شوائب ترى بالعين المجردة، وكيميائيًّا بتحليل جميع مركباتها بأجهزة مخصصة ومطابقتها بالمواصفات والمقاييس وبكتيريولوجيا: بفحص المياه بمواد مخصصة باستزراع البكتيريا والميكروبات، كما تستخدم تقنيات خاصة ذات كفاءة عالية مخصصة لفحص المياه في المختبر؛ ومنها: أجهزة الكيمياء: جهاز الفحص الفوري للكلور- جهاز قياس الحمضية والقلوية للمياه ph - جهاز تحليل جميع مركبات وعناصر المياه.
وتعمل أجهزة الميكروبيولوجي - جهاز لتحضين البكتيريا ونموها في أسرع وقت للكشف عن البكتيريا والميكروبات - جهاز كبينة السلامة للعمل على زراعة البكتيريا في بيئة منعزلة عن أي تلوث خارجي، لضمان مستوى التحاليل- جهاز الميكروسكوب لمعرفة أنواع البكتيريا ومصدرها، وأن مدة الفحص تتراوح بين "24" إلى "48" ساعة بالنسبة للميكروبيولوجي، وساعتين إلى "4" ساعات للفحص الكيميائي.